ส่วนใหญ่จะรู้ถึงประโยชน์ของคอลลาเจนในเรื่องกระดูกและข้อแล้ว นอกจากประโยชน์ของคอลลาเจนด้านการบำรุงและชะลอการเสื่อมตัวของผิวหนังที่ได้รับความนิยม ยังมีคอลลาเจนอีกชนิดคือคอลลาเจนชนิดที่ 2 (Collagen Type II) ซึ่งพบมากในเนื้อเยื่อกระดูกและข้อต่อของร่างกาย ที่เชื่อว่าอาจมีคุณประโยชน์ในการรักษาอาการเจ็บอันเกิดจากโรคเกี่ยวกับกระดูกหรือข้อต่อ อาการเจ็บหลังการผ่าตัด หรืออาการปวดอื่น ๆ เช่น ปวดหลัง ปวดคอ อย่างไรก็ตาม ข้อมูลเกี่ยวกับสรรพคุณด้านนี้ของคอลลาเจนล้วนแต่ยังมีไม่เพียงพอต่อการยืนยันอย่างแน่ชัด

โรคข้อเสื่อม มีการใช้คอลลาเจนชนิดที่ 2 ในการรักษาผู้ป่วยที่เผชิญปัญหาเกี่ยวกับการเสื่อมตัวของข้อกระดูกจากการทบทวนงานวิจัยที่ศึกษาประสิทธิภาพของคอลลาเจนชนิดที่ 2 ผ่านกระบวนการย่อยบางส่วนต่อการรักษาโรคข้อเสื่อมหรือโรคความผิดปกติเกี่ยวกับข้อต่อชนิดอื่น ๆ พบว่าคอลลาเจนชนิดที่ 2 สามารถถูกดูดซึมผ่านลำไส้และไปสะสมในกระดูกอ่อนได้

ทั้งนี้ผู้วิจัยเชื่อว่าเนื่องจากคอลลาเจนชนิดที่ 2 มีกลไกการทำงานที่อาจช่วยให้ผู้ป่วยโรคเกี่ยวกับข้อต่ออย่างโรคข้อเสื่อมมีอาการดีขึ้น โดยช่วยการทำงานของข้อต่อและบรรเทาอาการปวดในทั้งชายและหญิงที่เป็นโรคข้อเสื่อม เข่าเสื่อม และโรคเกี่ยวข้อกระดูกได้อย่างปลอดภัย ซึ่งการศึกษาที่พบนี้ถือว่าเป็นแนวทางที่ดีสำหรับการศึกษาเพิ่มเติมต่อไปในอนาคต เพื่อจะสรุปว่าคอลลาเจนให้ผลดีในการรักษาโรคนี้จริงหรือไม่ และควรใช้อย่างไรจึงจะเหมาะสมที่สุด

โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์
โรคเกี่ยวกับระบบภูมิคุ้มกันผิดปกติที่เกิดการอักเสบของเยื่อหุ้มกระดูกข้อต่อที่เชื่อว่ามีความเกี่ยวข้องกับปฏิกิริยาของสารก่อภูมิต้านทาน (Autoantigen) ภายในข้อต่อ ซึ่งคอลลาเจนชนิดที่ 2 นั้นก็เป็นโปรตีนชนิดหลักในกระดูกอ่อนข้อต่อและสารก่อภูมิต้านทานที่สำคัญ ทำให้มีการศึกษาถึงประโยชน์ในด้านนี้ โดยงานวิจัยเมื่อนานมาแล้วทดลองกับผู้ป่วยที่มีอาการของโรครุนแรง ผลลัพธ์พบว่าผู้ป่วยเกิดอาการบวมและฟกช้ำในข้อต่อลดน้อยลง หลังจากรับประทานคอลลาเจนชนิดที่ 2 เป็นเวลา 3 เดือน ในขณะที่กลุ่มรับประทานยาหลอกที่ไม่เห็นผลลัพธ์ใด ๆ และมีผู้ป่วย 4 คน จากทั้งหมด 60 คนที่มีอาการของโรคทุเลาลงอย่างสมบูรณ์